Científicos españoles desarrollan un programa bioinformático que analiza la evolución de un cáncer en pocas horas

Un grupo de genómica computacional de Barcelona ha desarrollado un nuevo programa bioinformático que analiza los cambios genéticos en pacientes de cáncer en pocas horas, frente a los días e incluso semanas que requerían los métodos convencionales con cambios genéticos que antes quedaban ocultos.

Según ha explicado a la Agencia EFE el biólogo David Torrents, que ha liderado esta investigación del Barcelona Supercomputing Center-Centro Nacional de Computación (BSC-CNS), con este nuevo programa “se pueden detectar las mutaciones celulares de un tumor cancerígeno en cinco horas, y además de una forma más sencilla y más barata”. El desarrollo del programa, que es de libre acceso para uso académico y científico y de pago para objetivos comerciales, ha sido publicado en la revista ‘Nature Biotechnology’.

‘SMUFIN’ (por Somatic Mutations Finder), que así se llama el programa, permite detectar de forma “sencilla, rápida y precisa” las alteraciones genéticas que causan la aparición y progresión de tumores, siendo incluso “capaz de localizar las grandes reorganizaciones de cromosomas difícilmente detectables hasta ahora”, afirma Torrents.

Experto también en informática, el biólogo considera que esta nueva herramienta es un paso fundamental para alcanzar la “medicina personalizada, ya que el análisis genómico de cada paciente ayudará a su diagnóstico y permitirá la selección de tratamientos cada vez más eficaces y menos agresivos”.

“Nueva manera de leer el genoma”
Como explica Torrents, el estudiar un cáncer es un proceso complejo, y es que hay “que identificar la mutación de la célula que se ha vuelto loca y para eso se mira en el genoma qué mutación ha sufrido”. Este proceso implica “secuenciar el genoma y compararlo con una célula sana”, para así poder “ver qué cambio hay y qué proteína está tocaca y ver qué fármaco se tiene que dar”.

Todo ese proceso, “hasta ahora es lento, complejo y caro”, y es que como subraya el biólogo hay “muchos investigadores implicados, muchos centros y muchos tipos de mutaciones que no se detectaban”.

Sin embargo con este nuevo programa bioinformático “hemos generado una nueva manera de leer el genoma, haciendo comparación directa del genoma tumoral y el sano. Lo hacemos más sencillo, más rápido y capaz de detectar muchos más tipos de mutaciones, como las grandes reorganizaciones de cromosomas, que en su mayoría quedaban ocultas“.

El nuevo programa también sirve para la investigación biomédica, ya que abarata la comparación masiva de genomas para estudiar el origen de enfermedades complejas, y facilita que muchos investigadores detecten mutaciones en miles de genomas tumorales en poco tiempo, indica Torrents.

Más rápido, sencillo y barato
El nuevo análisis bioinformático permite a los médicos analizar los cambios genéticos en pacientes de cáncer en pocas horas. Encontrar las mutaciones de un tumor en cinco horas será posible, y es que ya no será necesario acudir a grandes computadoras durante semanas que hacían el proceso caro y de difícil aplicación a la clínica diaria, sino que se podrá hacer en cualquier hospital.

Rapidez, sencillez, y también la reducción de costes, y es que Torrents augura que el coste de secuenciar el genoma, actualmente entre 2.000 y 3.000 euros por un genoma completo, se reducirá a unos 700 euros, “un precio que ya es atractivo para introducir medicinas personalizadas en las prácticas clínicas”, añade.

Según el biólogo, para usar el nuevo método que ve los cambios genéticos de un tumor sólo será necesario tener conocimientos básicos de Linux, el programa con el que se ha desarrollado.

La creación del programa ha necesitado de dos años de trabajos de supercomputación, en una investigación en la que también han participado el Hospital Clínic, el Instituto de Investigación Biomédica August Pi i Sunyer, el Instituto de Oncología de la Universidad de Oviedo, el European Molecular Biology Laboratory de Heidelberg, y el Centro Nacional de Análisis Genómico de Barcelona.

Destacar que el BSC está participando en la mayor iniciativa mundial de genómica del cáncer a través del Consorcio Internacional del Genoma del Cáncer, que pretende analizar los genomas de miles de pacientes para estudiar las bases genéticas de la aparición y la evolución de un gran número de tipos tumorales.
..Emilio Ramírez

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