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Como mínimo, el coronavirus tuvo 519 entradas independientes a España, si bien, no todas tuvieron éxito epidemiológico. De hecho, solo unas pocas llegaron a generar un número sustantivo de casos, pero las que lo consiguieron, tuvieron un gran peso en la epidemia. Tanto es así que uno solo de los genotipos del coronavirus representó el 60% de los contagios de la primera semana de marzo. Así lo indica el estudio filogenético del SARS-CoV-2 durante los tres primeros meses de la pandemia de Covid-19. La investigación completa un mapa de la diversidad genómica del virus con la secuenciación de 3.800 muestras del virus.
Uno solo de los genotipos del coronavirus que entraron en España al comienzo de la primera ola provocó el 60% de los contagios de la primera semana de marzo
El informe parte del trabajo de investigadores que han formado el consorcio SeqCovid-Spain. En él, participan más de treinta hospitales de España, laboratorios de genómica y salud pública, e investigadores del CSIC. El estudio concluye que la diversidad genómica del coronavirus en España es única en Europa, y más cercana a los genotipos del virus circulantes en Asia entre finales de 2019 y principios de 2020. Según señala el CSIC, este hecho concuerda con la introducción temprana del virus en el país. Sobre todo a partir de la segunda mitad de febrero de 2020, y con una expansión muy veloz a todo el territorio nacional para finales de febrero.
Pese a esta diversidad pocos genotipos lograr expandir la epidemia, pero los que sí lo consiguieron, fueron clave. “Entre las secuencias analizadas se ha identificado un genotipo que generó el 30% de todos los casos secuenciados” explica Iñaki Comas, investigador del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) y uno de los que ha liderado la investigación. Este único genotipo causó el contagio de seis de cada 10 infectados en los primeros días de marzo. “Una reconstrucción detallada de dicho genotipo demuestra que se introdujo múltiples veces y simultáneamente desde Italia, por lo menos en Madrid y Valencia, antes de que el país transalpino diera la voz de alarma”, añade.
“Se introdujo múltiples veces y simultáneamente desde Italia, por lo menos en Madrid y Valencia, antes de que el país transalpino diera la voz de alarma”
“Al éxito de estas introducciones contribuyeron eventos de superdispersión, como un funeral en Vitoria, que ayudaron a este genotipo concreto a mantenerse y expandirse rápidamente”, precisa el investigador. “La alta movilidad entre provincias españolas hizo el resto para que el genotipo se convirtiera en el más exitoso de la primera ola en España”, indica.
Los análisis también demuestran la alta efectividad del confinamiento durante marzo y abril, que prácticamente eliminó estos genotipos exitosos, ya que no se han vuelto a detectar en la segunda ola. “De hecho, en la segunda ola se están viendo nuevos genotipos aparecer con patrones similares a los mencionados en este trabajo”, dice Comas.
Eventos de superdispersión, como el funeral de Vitoria a finales de febrero y la alta movilidad entre provincias, hicieron el resto
El investigador advierte que uno de los “mensajes más importantes” que han extraído del informe es “la necesidad de tomar medidas de restricción a tiempo para contener estos genotipos antes de que se expandan y tengan un peso tan importante en la epidemia”. El éxito de estos genotipos se basa en una combinación de múltiples introducciones asociadas a eventos de superdispersión y a una alta movilidad. Además, el informe sugiere la necesidad de implementar sistemas de vigilancia temprana que identifiquen la expansión de determinados genotipos localmente y entre provincias. Así, se puedan tomar decisiones informadas sobre las actuaciones a realizar para contenerlos.
Con este estudio, España es ahora mismo el segundo país de Europa con más muestras del genoma del virus recogidas. Además, se sitúa como cuarto en todo el mundo, con 4.244 secuencias. Gran parte del esfuerzo de secuenciación se realizó en las instalaciones de la Fundación Fisabio. Pero también en diversos hospitales de España. Entre ellos, el Hospital General Universitario Gregorio Marañón de Madrid, el Hospital Clínic de Barcelona, el Centro de Investigación Biomédica de La Rioja, el Hospital San Pedro de Logroño, el Hospital de Elche y el Hospital Universitario Son Espases de Palma de Mallorca.
Los análisis demuestran la alta efectividad del confinamiento durante marzo y abril, que prácticamente eliminó los genotipos de coronavirus exitosos
Además de por Iñaki Comas, la viróloga Mireia Coscolla, del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas (I2SysBio) del CSIC y la Universitat de València y Fernando González Candelas, de la Fundación Fisabio han liderado la investigación del consorcio.
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