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El protocolo de Integración de la Secuenciación Genómica en la Vigilancia del SARS-CoV-2 en el que trabajaba la Ponencia de Alertas del Ministerio de Sanidad con el Instituto de Salud Carlos III ha sido aprobado por la Ponencia de Alertas del Consejo Interterritorial. Se trata de una guía para trabajar en la determinación de la incidencia de las variantes genéticas del virus e identificar nuevas variantes que puedan ser de interés para la salud pública. Sanidad señala que el documento estará en constante revisión.
El protocolo trata de establecer una red de laboratorios en todas las CC.AA que desarrollen capacidades de secuenciación genómica del SARS-CoV-2
El documento señala que se integrará la secuenciación genómica del nuevo coronavirus en el Sistema de Vigilancia Epidemiológica en España (SiViEs). Para ello, se establecerá una red de laboratorios que desarrollen capacidades de secuenciación. La red estará coordinada por el Ministerio de Sanidad en colaboración con el Centro Nacional de Microbiolgía del ISCIII. El protocolo establece que cada comunidad autónoma establecerá un laboratorio como mínimo con capacidad de secuenciación y, para empezar, tendrán que analizar un número de muestras infectadas por SARS-CoV-2 que estén entre el uno y el dos por ciento de los casos diagnosticados en cada comunidad.
Tomando datos actuales de contagios de Covid-19 por cada comunidad autónoma, España debería estar secuenciando semanalmente entre 1.887 muestras y 3.774 determinaciones. El objetivo es ir aumentando de forma progresiva el número de muestras analizadas. El Ministerio quiere conseguir llegar a secuenciar en tiempo real, para saber qué está pasando en el momento con cada variante circulante en España.
España debería secuenciar semanalmente entre 1.887 muestras y 3.774 determinaciones con la incidencia que hay actualmente
El protocolo señala que las muestras se seleccionarán de forma aleatoria y representativa de las muestras recibidas semanalmente con un umbral de ciclos menor de 30, lo que se considera una carga viral con capacidad infectiva. El 80% de estas muestras se habrán recogido en atención primaria y el 20% restante de atención hospitalaria. Además, no todas las muestras deben proceder de un mismo origen, por ejemplo, un mismo brote.
Según Sanidad, el protocolo se ha redactado siguiendo las recomendaciones europeas e internacionales. De hecho, recoge las medidas del Centro Europeo para la Detección y el Control de Enfermedades (ECDC) para contener la transmisión comunitaria de variantes de interés.
El 80% de estas muestras se habrán recogido en atención primaria y el 20% restante de atención hospitalaria
El protocolo aprobado determina el procedimiento de identificación y seguimiento de las variantes circulantes en España, la metodología para integrar la información en el SiViEs; incluye una guía para la toma, envío y manejo de muestras. También establece medidas de detección precoz de la circulación de las variantes con la secuenciación en grupos diana. Así como la determinación de la incidencia de casos de esas variantes. Tb establece el seguimiento de los contagios y contactos en personas que tengan vínculos epidemiológicos en zonas donde estén circulando las nuevas variantes, y las posibles restricciones de movimiento a esas zonas.
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