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Una técnica basada en nanoporos permite secuenciar el genoma del virus SARS-CoV-2 y detectar sus variantes en menos de ocho horas. Investigadores del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA) del CSIC han evaluado la eficacia de esta tecnología que se prueba en algunos hospitales españoles y han publicado sus resultados en la revista Applied Microbiology and Biotechnology.
Según explica el CSIC, esta técnica facilita determinar el orden exacto de los componentes básicos del ARN del SARS-CoV-2 y diferenciar las variantes de forma rápida. De esta forma puede complementar a otros métodos de diagnóstico como la PCR para identificar y detectar la transmisión de nuevas variantes del virus.
La secuenciación con nanoporos determina el orden exacto de los componentes básicos del ARN del SARS-CoV-2 y diferencia las variantes del virus de forma rápida
La técnica se basa en el uso de poros de un nanómetro de diámetro colocados sobre una membrana de polímeros resistente a la electricidad. Cuando una hebra de ADN o ARN atraviesa estos poros, se crea una alteración en la corriente eléctrica que permite determinar el orden de la secuencia de los componentes del genoma del virus.
El Dr. Óscar González-Recio, del INIA-CSIC, la describe como una tecnología “bastante robusta” ya que su fiabilidad “depende en gran medida de la biocomputación para corregir los errores de la secuenciación”. Otra de sus ventajas es que “permite secuenciar el ARN directamente y acelerar así el proceso de diagnóstico del virus”, explica, “incluso se pueden detectar las modificaciones [mutaciones] en las bases del ARN viral”.
Dr. González-Recio: “Es más económica que otros métodos de secuenciación más tradicionales y permite la identificación de variantes en menos de ocho horas”
El sistema hace posible prescindir del paso de conversión a ADN y no es necesario disponer, a diferencia de la PCR, de una secuencia de referencia para obtener la secuenciación completa del genoma del virus, “aunque ambas tecnologías no son comparables, ya que su objetivo es diferente”, puntualiza. Así, la PCR permite realizar un diagnóstico y la secuenciación por nanoporos detalla qué variantes genéticas del SARS-CoV-2 están presentes en la muestra.
Esta capacidad es interesante para la vigilancia epidemiológica, la detección y la transmisión de nuevas variantes. “Se podría usar también para diagnóstico, pero su coste no es lo suficientemente bajo como para sustituir a la PCR. Sin embargo, sí es más económica que otros métodos de secuenciación más tradicionales y permite la identificación de variantes en menos de ocho horas”, matiza González-Recio.
“La secuenciación con nanoporos se puede emplear cuando se requiere una respuesta rápida para identificar variantes sospechosas en pacientes con Covid-19”
Sin embargo, el CSIC señala que en esta tecnología existe un mayor error que en otras tecnologías más establecidas. Así, es necesario suplir los fallos con procesos bioinformáticos más complejos. Por eso la secuenciación por nanoporos “se puede emplear cuando se requiere una respuesta rápida para identificar variantes sospechosas en pacientes con Covid-19”, explica el Dr. González-Recio. “La comunidad científica está desarrollando protocolos cada vez más rápidos y fiables con esta tecnología e incluso podría usarse para la vigilancia del coronavirus en aguas residuales”. Y es que esta técnica permite secuenciar a la vez virus y bacterias “a bajo coste”, lo que podría servir, según apunta el investigador, “para analizar qué tipos de patógenos son más frecuentes en una infección por SARS-CoV-2”.
Algunos países como el Reino Unido, Dinamarca, o Chile ya han adoptado la secuenciación con nanoporos como alternativa al sistema estándar más frecuente con tecnología Illumina. En España se está implantando en algunos hospitales, aunque de manera esporádica. Esta técnica de secuenciación ha ganado protagonismo en los últimos años en la investigación de brotes como los del ébola o el zika. Recientemente lo ha hecho con la detección del SARS-CoV-2.
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